木幡踏切は、上り・下りの線路間隔が広いために、遮断機が降りた後に車や歩行者が踏切内に取り残される事象が多く発生していました。暫定対策として注意喚起看板を設置し、踏切道の上下線間部分にゼブラ塗色を施していました。その後、道路管理者（京都府）と調整を行い、平成23年4月より木幡駅構内の配線変更工事および同踏切の改良工事を行い、24年4月に踏切延長が短縮（17.4メートルから9.9メートル）されました。また、踏切道に歩道を設置するための拡幅工事を行い、7月に工事完了しました。