2006年6月23日設立。
社内だけでなく他企業や研究機関から専門家を招き、現在31名で研究・調査活動を推進しています。

安全研究所で取り組む研究テーマは、鉄道の運行に関わることだけではなく人事など広く全社にわたることや、安全研究所が行う提言に責任と実効性をもたせるため、社長に直結した独立の組織としました。また、安全に関する研究機関であることから、安全推進部などとは、密接に意見交換を行いながら研究テーマの設定や研究成果にもとづく提言をしています。

安全研究所には、「安全マネジメント研究室」「ヒューマンファクター研究室」「人間工学研究室」の3つの研究室があります。
「安全マネジメント研究室」では、安全性を定量的かつ客観的に評価する仕組みや、安全管理体制の構築に関する課題などについて研究し、安全マネジメントの視点から安全性向上のための方法や手段の提言を行っています。「ヒューマンファクター研究室」では、安全教育と指導方法、人間の心理特性、人間の生理特性、人間の集団特性について研究し、ヒューマンエラーの防止策の提言を行っています。「人間工学研究室」では、ヒューマンエラーが発生しにくい設備、使いやすく安全な設備・システムについて研究し、次世代機器開発などの提言を行っています。

(2017年7月1日現在)